DNA nach Größe auftrennen einfach erklärt

Mal angenommen man hat eine Mischung aus verschieden großen DNA Stücken und möchte diese auftrennen. Das kann zu verschiedenen Zeitpunkten eines größeren Versuchs nützlich sein.

Die DNA sieht aus wie eine Strickleiter. Die Streben in der Mitte sind die Basen, also die Buchstaben der DNA. Die Ränder der Strickleiter bestehen abwechselnd aus Desoxyribose (ein Zucker) und Phosphatrest. Die Phosphatreste tragen negative Ladungen. Und diese negativen Ladungen können wir für unsere Methode ausnutzen.

Dazu brauchen wir ein Gel. In diesem Fall machen wir eines aus Agarose. Das Gel funktioniert dann wie ein Sieb. Kleine DNA Stücke können viel schneller durch das Gel wandern als große. Dadurch erreichen wir die Auftrennung, die wir wollen.

Damit die DNA Stücke durch das Gel wandern können, brauchen wir Strom. Wir setzen das Gel (welches in einem Strom leitenden Puffer, also „1x TAE Puffer“ liegt) einem elektrischen Feld aus. Nun wandern die DNA Stücke durch das Gel. Dabei kommen die kleinen DNA Stücke schneller voran.

Und wo tun wir die DNA Mischung rein?

Beim Gießen des Gels kann man einen Kamm in das noch flüssige Agarosegel stecken. Wenn das Gel fest ist, kann man den Kamm heraus ziehen. Dadurch erhält man Probentaschen, in die man die Mischung aus verschieden großen DNA Stücken rein tun kann.

Neben der Tasche in die die Probe soll, trägt man noch eine gekaufte Mischung aus DNA Stücken bekannter Größe auf (genannt: Ladder, Marker, Standard). Dadurch kann man hinterher sagen, wie groß die aufgetrennten Stücke aus der Probe sind. Die Größe von DNA Stücken wird in der Anzahl der Basenpaare angegeben.

Das Gel läuft: (Die farbigen Punkte sind Farben, die man in die Proben hinzugefügt hat, um ohne UV-Licht abschätzen zu können, wie weit die Proben schon gelaufen sind)

Hinterher könnte das Ergebnis so aussehen wie im Beitragsbild

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